احمدیان پس از پایان جنگ تحمیلی به سمت جانشین فرماندهی نیروی دریایی سپاه منصوب شد و به تئوریزه کردن تجارب بزرگ دریایی دفاع مقدس خصوصاً مقابله با ناوگان متجاوز آمریکا همت گماشت. او از جمله معماران اصلی نیروی دریایی جدید و بدیع سپاه که بر مبنای ایدههای انقلاب شکل گرفته و از اولین نظریهپردازان ایده دفاع نامتقارن بود.
به گزارش میزان، چندی بعد باتوجه به سوابق ارزندهی احمدیان، وی از سوی فرماندهی کل قوا به سمت فرمانده نیروی دریایی سپاه منصوب شد. احمدیان در این مسئولیت فرصت یافت تا ایده دفاع نامتقارن که در نیروی دریایی آغاز شده بود را به اوج رسانده و ظرفیتهای اساسیای را برای مقابله با تهدیدات قدرتهای بزرگ در نیروی دریایی سپاه پایه گذاری کند.
حضور مستمر احمدیان در نیروی دریایی سپاه از پایینترین سطح تا عالیترین مدارج و نقش محوری در طراحی شکلگیری، گسترش، تجهیز و انتظام آموزشی و تخصصی این نیرو در کنار تبحر وی در موضوعات تخصصی این نیرو و اشرافاش در موضوعاتی همچون شناوری و موشکی، بهینه سازی سیستم دفاعی نیروهای مسلح در عرصه دریا، نقش ماندگاری از وی در تاریخ دریایی کشور به یادگار گذاشته است.
احمدیان از سال ۱۳۷۹ به عنوان رئیس ستاد مشترک سپاه از سوی حضرت آیت الله خامنهای منصوب شد. حضور وی در این مقطع تحول عظیمی در ساختار اداری و توانایی سازمانی سپاه در ابعاد مختلف به وجود آورد؛ به گونهای که بارها از سوی رهبر انقلاب مورد تشویق قرار گرفت. احمدیان در مسئولیت ستاد مشترک سپاه علاوه بر تلاش برای تعمیم رویکرد نامتقارن تجربه شده در نیروی دریایی به کل سپاه، طرح عظیم تحول سازمانی سپاه را تهیه و پس از تصویب فرمانده کل قوا، زمینه اجرایی کردن آن را فراهم کرد. او در اجرای این طرح، اهتمام فراوانی نمود به طوری که پس از گذشت ۵ سال از مسئولیتاش، سپاه ورود به مرحلهای جدید را تجربه کرد.
همچنین در ادامه تحول بنیادین سپاه به منظور استمرار این پیشرفت و نهادینهسازی آن در بخش آموزش سپاه، سردار احمدیان به مدت نزدیک به دو سال با حفظ سمت، مسئولیت فرماندهی دانشگاه امام حسین (ع) را برعهده گرفت و تحول بنیادین در این دانشگاه را پایهگذاری کرد که در این خصوص نیز مورد تشویق فرماندهی کل قوا قرار گرفت.
احمدیان در ۹ شهریور ۱۳۸۶ توسط رهبر انقلاب به ریاست مرکز راهبردی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منصوب شد. وی از ۲۹ شهریور ۱۴۰۱ با حکم رهبر معظم انقلاب به عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام درآمد.