ترور آيت‌الله مطهري و به شهادت رساندن او فقط يكي از سلسله ترورهای گروهی بود كه حياتش ديری نپاييد؛ گروهي كه در حوزه انديشه‌اي چندان مستقل نبود و مدام منبع اقتباسش يا سازمان منافقين قرار مي‌گرفت يا تفكرات علي شريعتي. گروه فرقان و ترورهايش ماحصل انديشه‌ای متزلزل و نامطمئن بود؛ زيرا اعضاي آن در‌عين‌حال كه سعي مي‌كردند اساس تفكر خود را مبتني بر اسلام بدانند، نقش روحانيت در اسلاميت نظام سياسي را انكار كنند.
به گزارش شرق، شايد بتوان گفت فرقان از معدود گروه‌هايي بود كه تا پايان حياتش نتوانست به يك تفكر منسجم برسد؛ زيرا از يك‌سو تفكرات چپ افراطي در آنها نفوذ كرده بود و از سوي ديگر ايشان تمايل داشتند تا با ارائه ظاهري نوين از اسلام، احكام فقهي را مطابق با داشته‌هاي غيرديني خود تفسير كنند. در حقيقت اگر مانند جبهه منشعب‌شده سازمان مجاهدين خلق كه بعد از انقلاب با نام پيكار شناسايي شدند، آنها نيز تفكرات غيرديني خود را دنبال مي‌كردند يا آنكه مانند اسلام‌گرايان فقط تفكر اسلامي را پي مي‌گرفتند، مي‌توانستند از تعارض‌هاي پي‌درپي بيرون بيايند اما نوع انديشه ايشان ماحصل رفت‌وآمد ميان مادي‌گرايي و تفقه بود كه نه تفقه ايشان کامل بود و نه مادي‌گرايي‌شان.
منشأ فكري فرقان
نيروهاي فرقان به‌شدت تحت تأثير انديشه‌هاي علي شريعتي بودند و اكبر گودرزي، بنيان‌گذار اين گروه سعي مي‌كرد با بازخواني ناقص از انديشه‌هاي آن متفكر، قرآن را تفسير كند و نوع دين‌داري خواسته خود را به مردم ارائه بدهد و پرواضح است كه يك روحاني جوان و انقلاب‌زده 16 يا 17ساله، از پس تبيين و انديشه‌سازي برنمي‌آيد اما به دليل فضاي انقلاب و به حاشيه‌رفتن بحث‌هاي علمي، اكبر گودرزيِ نوجوان هم توانست خود را در زمره انديشمندان قرار بدهند.
او براي تشريح انديشه‌هاي خود در مساجدي چون الهادي، فاطميه خزانه، مسجد رضوان خیابان اتابک، مسجد شیخ هادی و مسجد خمسه قلهک جلساتي برگزار مي‌كرد.
آن نوجوان باور داشت كه «روحانیت ضدتوحیدی‌ترین عناصر جامعه است و معتقد بود که باید در کمترین زمان ممکن با توسل به قهر و آتش و سلاح آنان را از بین برداشت تا هم قربه الی‌الله به دستورات و احکام خدا عمل شده باشد و هم خلق تحت ستم از استعمار حاکم رهایی یابند» (غلامرضا خواجه‌سروی، رقابت سیاسی و ثبات سیاسی در جمهوری اسلامی ایران). گودرزي نيل به حذف روحانيت را در اقدامات مسلحانه مي‌ديد.
برمبناي كتاب «تركیب التقاط و ترور» كه توسط «مركز اسناد انقلاب اسلامی» منتشر شده است، روحانیون نزدیك به آيت‌الله مطهری می‌گویند شهید مطهری تفسیرهای برخي روحانيون را «ماركسیستی» و «تفنگی» می‌دانست.
آیت‌الله مهدوی‌كنی درهمین‌باره می‌گفت: «بعضی‌ها در بیاناتشان، حرف‌هایی می‌زدند كه برای منافقین مطلوب بود، حتی آیات قرآن را طوری تفسیر می‌كردند كه خلاف واقع بود. آقای مطهری از اینها خیلی ناراحت بود و می‌گفت این سبك تفسیر، تفسیر كمونیستی، ماتریالیستی و تفنگی است».
حجت‌الاسلام ناطق‌نوری، قاضی اصلی دادگاه اعضای گروهك فرقان نیز صراحتا به تأثیر آموزه‌های اين افراد بر اعضای این گروهك اشاره می‌كند.
هاشم صباغیان، از اعضای نهضت آزادی نيز در سال ٨٩ در گفت‌وگو با ماهنامه «آهنگ راه» درباره جلسات خوئینی‌ها در مسجد جوستان شميران گفته بود: «واقعیت این است که ما در آن موقع هنوز به جوهره تفکر آنها[فرقان] پی نبرده بودیم. خود من بعدها ماهیت فرقانی‌ها را فهمیدم و متوجه شدم از محصولات جلسه تفسیری اين افراد هستند».
فرقان و عصر ترور
انقلاب كه به پيروزي رسيد، فرقان براي مقابله با روحانيت دست به اسلحه برد زيرا اعضايش باور داشتند كه پس از پیروزی انقلاب روحانيت قدرت را براي خود تصاحب كرد و به دليل نداشتن تخصص حكومت‌داري از دخالت در امور فنی، مدیریت و ارگان‌های کشوری خودداري خواهد كرد و به ناچار سازمان‌های سیاسی، مارکسیستی و ناسیونالیستی امور را در دست مي‌گيرند كه در گذر زمان چنين ادعايي محقق نشد و از قضا نيروهاي مارکسیستی بدوا و نيروهاي ملي‌گرا پس از چندي از عرصه كنار گذاشته شدند يا كنار رفتند.
ديدگاه فرقان پس از انقلاب مورد انتقاد بسياري از شخصيت‌ها قرار گرفت؛ به‌ویژه آيت‌الله مطهري كه تفسير فرقان از دين را نادرست مي‌دانست و در مقدمه علل گرایش به مادی‌گری تحت عنوان ماتریالیسم در ایران به‌شدت به آرای تفسیری و تعابیری که اعضاي فرقان در ترجمه مفاهیم و آیات قرآن آوردند، حمله کرد و از آنان تحت عنوان «ماتریالیسم منافق» یاد کرد که همین انتقادهاي بي‌محابا از دلایل ترور او محسوب مي‌شود.
ترورهاي فرقان تنها محدود به آيت‌الله مطهري نبود؛ بلكه ايشان فهرستي طولاني را پيش‌روي خود قرار دادند كه در ترور برخي موفق و در ترور برخي ديگر ناموفق بودند.
از جمله افرادي كه توسط اين گروه جان باختند، مي‌توان به اين موارد اشاره كرد: آيت‌الله محمد مفتح، فعال سياسي و امام جماعت مسجد قبا، جواد بهمنی و اصغر نعمتی، از محافظان محمد مفتح، محمدولی قرنی، رئيس ستاد مشترک ارتش، محمدتقی حاج‌طرخانی، از بنيان‌گذاران مسجد قبا، سید‌محسن بهبهانی، مجری برنامه‌های مذهبی در رادیو و تلویزیون، مهدی عراقی، مدیر امور مالی مؤسسه کیهان، حسام عراقي، فرزند مهدی عراقی، هانس یوآخیم لایب، معاون شرکت داروسازی ایران مرک (به اتهام جاسوسی برای دولت آلمان)، سیدمحمدعلی قاضی طباطبایی، امام‌جمعه تبریز، فقیه ایمانی، فقيه و ابوالقاسم اسلامی(رجبی) فقيه. افرادي چون اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سیدرضی شیرازی، احمد لاجوردی، حسین مهدیان، محمدباقر دشتیانه در معرض ترور قرار گرفتند كه ترورها ناكام ماند و ايشان زنده ماندند.
اعدام اكبر گودرزي
در نهايت اكبر گودرزي در 18دي 58 به‌همراه حسن اقرلو در خانه‌ای تیمی واقع در خیابان جمالزاده دستگیر شد.
جمال اصفهاني، مسئول وقت اطلاعات كميته و پيگيري پرونده فرقان در گفت‌وگويي درباره نحوه بازداشت گودرزي گفته بود: «اكبر گودرزي با فردي به نام حسن اقرلو در يك خانه تيمي زندگي مي‌كرد. در آنجا تيراندازي شد و نهايتا از نارنجك و گاز اشك‌آور استفاده كرديم كه آنها تسليم شدند.
گودرزي مجروح شد و وقتي ما داخل شديم، من همان‌جا كه قيافه او را در تاريكي ديدم، به بچه‌ها گفتم كه او اكبر گودرزي است». او در ادامه از اعتراف زودهنگام گودرزي در ماشين چنين گفته بود: «شبي كه ما گودرزي را گرفتيم، در راه حركت به سمت اوين، من از او پرسيدم كه قاتل مطهري كيست.
او گفت كه يعني شما نمي‌دانيد. گفتيم مي‌دانيم ولي مي‌خواهيم تو را امتحان كنيم و او نام بصيري و بقيه افراد را به زبان آورد». اكبر گودرزي در ۳ خرداد 59 به‌همراه اعضای ديگر گروه فرقان تیرباران شد. پس از مرگ گودرزي تا سال60 همچنان باقي‌ماندگان فرقان اعلاميه‌هايي چاپ مي‌كردند اما ديگر نتوانستند مانند زمان حيات گودرزي فعاليت مؤثري داشته باشند.
