هماهنگی سامانه پیش ثبتنام و تکمیل ثبتنام با مراجع الکترونیکی به نوعی است که اگر فردی پیش ثبتنام و تکمیل ثبتنام کارت ملی هوشمند را انجام داد، هنگام استعلام مراکز خدمات دهنده به منظور احراز هویت، پاسخ مناسبی به آنها داده خواهد شد و آن فرد در زمره دارندگان کارت ملی هوشمند قرار خواهند گرفت.