جعفری همدانی علاوه بر ایران به مسائل جهان اسلام نیز توجه داشت. وی به تشکیل رژیم صهیونیستی در قلب کشورهای اسلامی توجه خاصی داشت و در سخنرانیهای خود از روابط پنهانی دولت ایران با اسرائیل پرده برمیداشت. ایشان به تبعیت از امام خمینی (ره) تشکیل دولت یهودی اسرائیل، در سرزمین فلسطین را محکوم و آن را غیرقانونی میدانست. چنانکه پس از تهاجم رژیم اسرائیل به چهار کشور عربی از ملت مسلمان ایران خواست تا با هم متحد شوند و تنفر خود را از اعمال رژیم اسرائیل ابراز نمایند.