زاکانی درباره اعتراضات سال ۸۸ گفت: آن موقع دولت طرحی را ارائه داد که در زمان فتنه حدود ۶۰۰ و خردهای را بگیرند و گفتند اینها عوامل فتنه هستند، باید دستگیر شوند و رهبری مخالفت کردند. اینها ۶۰۰ و خردهای را حدود ۱۹۰ نفر کردند و اسامی را اعلام و باز رهبری معظم انقلاب مخالفت کردند.