روزنامه کیهان در مطلبی پس از انتصاب ظریف به عنوان معاون راهبردی رئیس جمهور توسط پزشکیان از وی انتقاد کرد.
این روزنامه نوشت: در میانه هفته گذشته ظریف ضمن گرفتن عکس یادگاری با برخی از اعضای شورای رهبری تعیین وزرای دولت چهاردهم اعلام کرد که کار شورا پایان یافته است. اما او این عکس را در همان جایی گرفت که قرار بود ماندگار شود و مدیریت آن را هم برعهده بگیرد: «مرکز بررسی‌های ریاست‌جمهوری».
ظریف پیش از این رئیس شورای موقت موسوم به شورای راهبری دولت چهاردهم بود که پیشنهاد وزیر به پزشکیان را برعهده داشت و آخرین‌بار البته حکمی که ظریف برای خود از آقای پزشکیان گرفته، فراتر از ریاست مرکز مذکور و به عنوان «معاون راهبردی رئیس‌جمهور» است.
در حکم پزشکیان برای ظریف آمده است: «انتظار می‌رود با بهره‌گیری از تجربه‌های انباشته مدیران ارشد در دهه‌های گذشته و توانمندی‌های گسترده علمی تخصصی و کاربردی، نخبگان اندیشکده‌ها و نهادهای جامعه مدنی، تحولات کلان داخلی و بین‌المللی و میزان توفیق در دستیابی به اهداف قانون اساسی سند چشم‌انداز و سیاست‌های کلی مصوب مقام معظم رهبری (مدظله‌العالی) را رصد نموده، مستقیماً به اینجانب منعکس نمایید. به منظور جلوگیری از اضافه کردن ساختار و تشکیلات جدید و استفاده بهینه از ظرفیت‌های موجود، شایسته است مسئولیت مرکز بررسی‌های استراتژیک ریاست جمهوری را برعهده گرفته و وظایف این مرکز را به تشکیلات مناسب برای معاونت راهبردی ریاست‌جمهوری تبدیل کنید».
ظریف در پی برخی اعتراض‌ها به رویکرد ضد و نقیضش درباره تصدی سمت دولتی نوشت: «قرار نداشتم در این دولت مسئولیتی را قبول کنم. ولی نگرانی، دلخوری و اصرار هم‌میهنان بزرگوار، به ویژه در فضای مجازی، در چند روز گذشته باعث شد که ناگزیر شوم آن نگاه را قدری تغییر دهم؛ ولی در حد رسمیت یافتن یک مسئولیت مشورتی که بارها گفته بودم در خدمت رئیس‌جمهور عزیز خواهم بود. پیشنهاد بیشتر دوستان پذیرفتن معاونت سیاسی رئیس‌جمهور بود. اما آن سمت از یکسو مسئولیتی اجرائی بود، و از سوی دیگر باعث تداخل در وظایف و شائبه تضعیف وزارتخانه‌های سیاسی می‌شد که آن را به مصلحت ندانستم».
این ادعا بر ابهامات ماجرا می‌افزاید چه این که معاونت راهبردی تفاوت چندانی با معاونت سیاسی ندارد و اگر آن معاونت اجرائی است که هست این معاونت هم اجرائی و فراتر از ادعای «مسئولیت مشورتی» است. در حقیقت مفهوم معاونت راهبردی رئیس‌جمهور تعیین تکلیف درباره راهبرد دولت جدید و از یک منظر فراتر از معاونت سیاسی است.
سؤالی که در این‌جا مطرح می‌شود این است که آقای ظریف غیر از سوءمدیریت در حوزه دیپلماسی و تحمیل خسارت‌های سنگین یک توافق نامتوازن و بی‌پشتوانه به نام برجام که موجب دو برابر شدن تحریم‌ها شد، چه تخصص و دانش دیگری مثلاً در فهم بدیهیات مدیریت اقتصادی و وزارتخانه‌های تخصصی ذی‌ربط دارد که بخواهد معاونتی به نام معاونت راهبردی را برای تعیین راهبرد دولت به عهده بگیرد؟!
تصدی معاونت راهبردی از سوی ظریف همچنین مورد انتقاد گسترده منتقدانی قرار گرفته که با اشاره به سوابق ظریف در آمریکاهراسی و القای ناتوانی نظامی ایران، التماس انتخاباتی در شورای روابط خارجی آمریکا در سال ۱۳۹۴، و اعتماد بلاوجه به شیطان بزرگ، او را فاقد اهلیت تصدی جایگاه‌های حساس می‌دانند. در عین حال گفته شده که ظریف با یقین به این که در مجلس رد خواهد شد، نامزد تصدی وزارت نشد.
