از مهمترین دلایل انتخاب آیت‌الله سید علی خامنه‌ای به عنوان نماینده، ولی فقیه در سپاه، اختلاف و پراکندگی گسترده نظرات در سازمان و کادر اولیه سپاه و حساسیت‌هایی بود که توسط نفوذی‌های سازمان مجاهدین خلق برای سپاه به وجود آمد.
به گزارش ایسنا، سوم آذر چهل و چهارمین سالروز انتصاب آیت‌الله سید علی خامنه‌ای به نمایندگی، ولی فقیه در سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در سال ۱۳۵۸ بود.
یکی از مهمترین موضوعاتی که بعد از پیروزی انقلاب اسلامی ذهن بنیانگذار جمهوری اسلامی و نیرو‌های انقلاب را به خود مشغول کرده بود، وجود نیروی نظامی قدرتمند قابل اتکا به مردم بود. این نیرو باید می‌توانست در برابر توطئه‌ها و خطراتی که انقلاب را تهدید می‌کند، پاسداری و محافظت کند.
علاوه بر یاران و نیرو‌های وفادار به امام، نیرو‌های چپ و وابستگان به مارکسیست و کمونیست نیز از دوران حکومت رژیم پهلوی و شکل‌گیری مبارزات کمونیستی و مارکسیستی تاسیس چنین نیرویی را در درون خود سازماندهی کرده بودند و شاخه‌های نظامی فعالی داشتند.
علاوه بر این گروه‌ها، لیبرال‌ها هم که در دولت موقت مهندس مهدی بازرگان حضور داشتند از نخستین روز‌های بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در فکر ایجاد یک نیروی نظامی در ساختار حاکمیت بودند که اقداماتی را هم در این جهت آغاز کرده بودند.
تشکیل غیر رسمی و خودجوش یک نیروی نظامی متکی به مردمی در اولین روز‌های پیروزی انقلاب از مهمترین اتفاقات آن سالهاست. این نیرو که اعضای آن در مساجد، اماکن دولتی، پادگان‌ها، کاخ‌ها و مراکز حساس حضور داشتند، وظیفه حفاظت از اموال و تأمین امنیت اجتماعی را بر عهده داشتند. هر چند این نیرو‌ها بعد‌ها نام کمیته‌های انقلاب به خود گرفتند، اما هسته اصلی و اولیه سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در این نیرو‌ها شکل گرفت.
اولین اعلام رسمی تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی توسط عباس امیرانتظام سخنگوی دولت موقت در دوم اسفند ۱۳۵۷ انجام شد.
در آن سال‌ها چند گروه به اسم نیرو‌های مردمی و کمیته‌های انقلاب سازماندهی شده بودند و هر یک منطقه‌ای از تهران را برای فعالیت خود انتخاب کرده بودند.
جمعی از نیرو‌های سیاسی تحت فرماندهی حجت‌الاسلام حسن لاهوتی در منطقه باغ‌شاه، عده‌ای تحت سرپرستی محمد منتظری و محمدکاظم موسوی بجنوردی در مرکز گارد شهربانی، جمعی از نیرو‌ها تحت فرماندهی عباس زمانی معروف به ابوشریف در پادگان جمشیدیه و عده‌ای زیر نظر اعضای نهضت آزادی و دولت موقت در منطقه سلطنت‌آباد مستقر بودند.
اختلاف نظر این گروه‌ها از یک سو و تلاش دولت موقت برای تشکیل و در دست گرفتن اداره این نیروی نظامی موجب شد شورای انقلاب اسلامی برای سر و سامان دادن به اوضاع، شورایی ۱۲ نفره که اعضای آن نمایندگان چهار گروه فوق بودند، تشکیل دهد، افرادی بعد‌ها به عنوان اعضای شورای فرماندهی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی منصوب شدند.
عباس زمانی، جواد منصوری، عباس دوزدوزانی، محمد منتظری، یوسف کلاهدوز، محمدکاظم موسوی بجنوردی، مرتضی الویری، محمد بروجردی، محسن رضایی، محسن رفیق‌دوست و علی دانش‌منفرد انتخاب شدند و نمایندگان آن‌ها با توافق شورای انقلاب و نظر مثبت امام خمینی سپاه پاسداران را مستقل از ارتش و دولت و زیر نظر شورای انقلاب تاسیس و اساسنامه آن را نوشتند و در تاریخ دوم اردیبهشت ۱۳۵۸ منتشر کردند.
شورای فرماندهی سپاه در اولین اطلاعیه خود در ۱۶ اردیبهشت ۱۳۵۸ وظایف کلی این نیروی نظامی را مبارزه مسلحانه علیه جریان‌های مسلحانه ضد انقلاب، دفاع در برابر حملات و اشغال‌گری‌های عوامل یا قوای بیگانه در داخل کشور، همکاری و هماهنگی مؤثر با نیرو‌های مسلح جمهوری اسلامی، تربیت و آموزش اخلاقی، ایدئولوژیکی، سیاسی و نظامی کادر‌های سپاه، حمایت از نهضت‌های رهایی‌بخش و حق‌طلبانه مستضعفین جهان، تحت نظارت و رهبری انقلاب و استفاده از نیروی انسانی سپاه به هنگام بروز بلایا و حوادث غیرمترقبه و کمک به طرح‌های عمرانی دولت جمهوری اسلامی، تعیین کرد.
گروه‌های چهارگانه بعد از نهایی شدن اساسنامه سپاه برای انتخاب اولین فرمانده خود جواد منصوری، عباس زمانی و محمدکاظم موسوی بجنوری را نامزد کردند که جواد منصوری به عنوان اولین فرمانده سپاه پاسداران انقلاب اسلامی انتخاب شد.
با شکل‌گیری کار سازمانی و تشکیلاتی سپاه و تا حدود نیمه اول سال ۱۳۶۰ این نهاد با استقرار نمایندگی در تهران، به شکل استانی و شهرستانی اداره شد. از این تاریخ به بعد، تغییراتی تدریجی در سپاه شکل گرفت که به فرمان حضرت امام در سال ۱۳۶۴ موجب تشکیل سه نیروی زمینی، هوایی و دریایی و همچنین تشکیل سازمانی و رسمیِ بسیج مستضعفان در سال ۱۳۶۹ شد.
فرماندهی این نهاد انقلابی پس از منصوری به ترتیب به عباس دوزدوزانی، مرتضی رضایی، محسن رضایی، رحیم صفوی، عزیز جعفری و حسین سلامی سپرده شد.
رهبر فرزانه انقلاب اسلامی چهار ماه بعد از تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در تاریخ ۲۵ شهریور ۱۳۵۸ نماینده خود در سپاه را تعیین و حکمش را به نام حجت‌الاسلام حسن لاهوتی صادر کردند.
دوران سرپرستی حجت‌الاسلام لاهوتی در نهاد نمایندگی، ولی فقیه در سپاه با حاشیه‌هایی همراه بود. در این دوره دخالت سران سازمان مجاهدین خلق که هنوز با نظام جدید سیاسی ایران به مشکل نخورده بودند و هنوز علیه نظام جمهوری اسلامی دست به اسلحه نشده بودند، تلاش زیادی برای نفوذ به دستگاه‌های سیاسی و نظامی کردند. یکی از کانون‌های توجه مسعود رجوی و موسی خیابانی نهاد‌های انقلابی از جمله سپاه پاسداران بود که به تدریج پر رنگ‌تر شد. آنان از طریق عوامل ظاهرفریبِ خود و حتی فرزندان برخی مسوولان نظام که به عضویت این سازمان درآمده بودند، اسلحه و مهمات زیادی را از نهاد‌های انقلابی به یغما بردند. حمید لاهوتی فرزند حجت‌الاسلام لاهوتی یکی از این افراد بود.
در خاطراتی که از اولین فرمانده و برخی اعضای اولیه شورای فرماندهی سپاه به جا مانده، حمید لاهوتی بدون اجازه ژ ۳ و کلت روولور و فشنگ زیادی از سپاه به یغما برد.
در خاطرات جواد منصوری و علی‌محمد بشارتی آمده است: «.. سفر دیگر ما به کرمانشاه بود که در معیت مرحوم آقای لاهوتی، نماینده وقت امام خمینی در سپاه صورت گرفت.... در این سفر که سه روز طول کشید سلاح‌های زیادی جمع‌آوری کردیم که بیشتر آن‌ها ژ ۳ و کلت از نوع روولور بود. تصمیم داشتیم که همه آن‌ها را به تهران منتقل کنیم که به علت نفوذ منافقین، ورق به گونه دیگری برگشت.
در سفر کرمانشاه، حمید لاهوتی پسر آقای لاهوتی هم همراه ما بود، اما هیچ مسوولیتی نداشت. او با منافقین در ارتباط بود و با تحت تأثیر قرار دادن پدرش، تعداد زیادی از سلاح‌های جمع‌آوری شده خصوصا کلت‌ها را از او گرفته و برده بود. من خیلی دیر از این قضیه مطلع شدم. آقای فرزین به من گفت که آقا وحید سلاح‌ها را جعبه کرده و برده است.
با شنیدن این خبر خیلی عصبانی شدم، اما رعایت حال آقای لاهوتی را کردم و به ایشان چیزی نگفتم. با این حال تصمیم گرفتم که قضیه را با امام خمینی در میان بگذارم، چون این مسئله چیزی نبود که بتوان آن را جدی نگرفت و از کنار آن به سادگی گذشت.... فردای آن روز به قم رفتیم تا گزارش‌ها را خدمت امام خمینی عرض کنیم. امام خمینی احوال آقای لاهوتی را پرسید. من فرصت ندادم و گفتم آقای لاهوتی این گونه است، آدم بسیار عاطفی است و خیلی از صحبت‌هایی که می‌کنند دلپذیر و دلنشین است، اما به لحاظ سیاسی آسیب‌پذیر است. همه گروهک‌ها به ویژه منافقین او را می‌خواهند جذب کنند.
امام خمینی که معمولا خیلی کم سؤال می‌کردند، یک سووال دیگر هم راجع به روابط آقای لاهوتی و مجاهدین پرسیدند و من پاسخ دادم که ایشان مانند ما در زندان بوده و در آنجا با اکثر آن‌ها آشنا شده است، اما آشنایی و رفاقت یک چیز است و هواداری از آنان چیز دیگر و موضوعی ثانوی است. ایشان هواداری هم می‌کنند.»
این حال و هوای حجت‌الاسلام لاهوتی که توسط سایر افراد سیاسی و نظامی هم به امام می‌رسید در نهایت باعث شد امام خمینی محترمانه عذر ایشان را بخواهند و ایشان هم استعفایش را بنویسد. بعد از آن بنیانگذار انقلاب اسلامی، آیت‌الله سید علی خامنه‌ای را به عنوان نماینده وقت خود در سپاه منصوب کردند.
یکی از نخستین عرصه‌های نقش‌آفرینی آیت‌الله سید علی خامنه‌ای در روند تکاملی نظام جمهوری اسلامی ایران عضویت و فعالیت ایشان در شورای انقلاب اسلامی بود. این شورا پس از تبعید امام از عراق به فرانسه در مهر ۱۳۵۷ و بروز نشانه‌های بیشتری از پیروزی انقلاب اسلامی از اوایل آبان ۱۳۵۷ شکل گرفت و هسته اولیه و بقیه اعضایش به‌تدریج انتخاب شدند با این حال امام خمینی به دلیل رعایت برخی ملاحظات تا ۲۲ دی ۱۳۵۷ در اعلام رسمی تولد این شورا صبر کردند.
هسته اولیه اعضای شورای انقلاب حجج‌اسلام مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سید علی خامنه‌ای، محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند.
حجت‌الاسلام خامنه‌ای از اواخر دی ۱۳۵۷ در این جلسات حضور پیدا کرد. از جمله اقدامات شورای انقلاب تصمیم‌گیری درباره مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشور‌های خارجی از جمله آمریکا و تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی و انتخاب معرفی مهدی بازرگان به عنوان رییس دولت موقت به امام خمینی بود.
دومین نماینده
از مهمترین دلایل انتخاب آیت‌الله سید علی خامنه‌ای به عنوان نماینده ولی فقیه در سپاه، اختلاف و پراکندگی گسترده نظرات در سازمان و کادر اولیه سپاه و حساسیت‌هایی بود که توسط نفوذی‌های سازمان مجاهدین خلق برای سپاه به وجود آمد.
شورای انقلاب اسلامی یک عضو از اعضایش را به مدت سه ماه و دو روز به این نهاد مهم انقلابی اسلامی مامور کرد.
از مهمترین اقدامات آیت‌الله خامنه‌ای در سپاه علاوه بر رفع اختلافات داخلی، سازمان و تشکیلاتی متناسب با نیاز‌های آن روز انقلاب بنا نهاد.
آیت‌الله خامنه‌ای از سوم آذر تا پنجم اسفند ۱۳۵۸ در کسوت نماینده امام در سپاه و سرپرستی این نهاد انقلابی، انجام وظیفه کرد، اما از این تاریخ به دلیل کاندید نمایندگی اولین دوره مجلس شورای اسلامی شدن، استعفای‌شان را تقدیم شورای انقلاب کردند.
دکتر حسن حبیبی، سخنگوی وقت شورای انقلاب، متن استعفای آیت‌الله خامنه‌ای را به این شرح قرائت کرد: «اینک که به فضل خداوند در پرتو مجاهدات مستمر و خستنی‌ناپذیر امام بزرگوار و امت فداکار در آستانه تمامیت ارکان نظام سیاسی جمهوری اسلامی هستیم، با تعیین نمایندگی فرماندهی کل قوا از طرف امام و فراهم آمدن زمینه برای تشکیل شورای عالی دفاع موجب و لزومی برای ادامه مسوولیت نمایندگی اینجانب از سوی آن شورا در وزارت دفاع و سپاه پاسداران به نظر نمی‌رسد.
به علاوه با توجه به اینکه گروه‌های اجتماعی متعددی اینجانب را برای انتخابات مجلس شورای اسلامی نامزد کرده‌اند، استعفای خود از این مسوولیت را بدینوسیله تقدیم می‌دارم. به امید آنکه هرچه زودتر اقدام نهایی برای اداره نیرو‌های مسلح بر مبنای قانون اساسی به عمل آید.»
نام ایشان بعد از استعفا از نمایندگی، ولی فقیه در سپاه در سرلیست حزب جمهوری اسلامی قرار گرفت و با انتخاب مردم وارد مجلس شدند.
