امام خمینی در پیام خود به مناسبت آزادسازی خرمشهر در خرداد ۱۳۶۱ به پایان یافتن جنگ با عراق، اشاره داشته است، اما به هنگام انتشار عمومی این پیام، جمله مربوط به پایان جنگ، حذف می‌شود.
به گزارش عصرایران، این موضوع برای اولین بار و با انتشار اسناد جدیدی از دست نوشته‌های امام خمینی مشخص شده است. این اسناد را سایت خبری جماران وابسته به موسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی منتشر کرده است. سیدحسن خمینی نوه امام خمینی ریاست این موسسه را برعهده دارد.
حمید انصاری قائم مقام موسسه با انتشار متنی در سایت جماران گفته است: امام خمینی در پیام خود برای آزادی خرمشهر این جمله را هم نوشته بودند: «آنان می‌دانند امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است و دولت و ملت پیروزمند از موضع قدرت سخن می‌گویند»، اما در نسخه کپی که مبنای متن منتشر شده در رسانه‌ها بود با اجازه حضرت امام، عبارت «جنگ خاتمه یافته است» خط خورده است.
امام خمینی با هنگام صدور پیام به مناسبت آزادسازی خرمشهر در خرداد ۱۳۶۲، در مقام رهبر جمهوری اسلامی و فرمانده کل قوا (نیرو‌های مسلح) بودند.
جنگ ایران - عراق بعد از آزادسازی خرمشهر در خرداد ۱۳۶۱، به مدت ۶ سال دیگر ادامه یافت و در سال ۱۳۶۷ با قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت سازمان ملل متحد، پایان یافت.
بعد از آزادسازی خرمشهر، موضوع پایان جنگ از سوی شماری از چهره‌ها مطرح، اما به شدت رد و بر ادامه جنگ تاکید شد. موضوع پایان یا ادامه جنگ بعد از آزادسازی خرمشهر، همچنان یکی از مسائل جنجالی و مناقشه برانگیز تاریخ معاصر است.
موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی از چندی قبل، برخی اسناد محرمانه مربوط به امام خمینی را منتشر می‌کند.
امام خمینی تا سال ۱۳۶۸ رهبری جمهوری اسلامی و فرماندهی کل قوا (نیرو‌های مسلح) را برعهده داشتند و در ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ به دلیل بیماری، درگذشت.
حمید انصاری قائم مقام موسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی در توضیحی درباره کپی دست نویس نامه‌ها و پیام‌های امام خمینی در سایت جماران نوشته است:
تجربه ماه‌های اولیه بعد از پیروزی انقلاب حاکی از آن بود که در رادیو و تلویزیون و همچنین روزنامه‌ها در مقام قرائت و یا حروفچینی و درج مطالب دستخط برخی پیام‌های حضرت امام، دچار مشکل بودند و بعضا اشتباهات قابل توجهی در نقل نوشته‌های امام پدید می‌امد. برای جلوگیری از این اشتباهات و همچنین حفظ ارزش و اصالت دستخط حضرت امام خمینی، روال معمول بر این قرار شد که تصویر دستخط‌ها ارسال نشود و متن بازنویسی شده‌ای که توسط اعضای دفتر حضرت امام به دقت و با حروف خوانا از روی کپی دستخط نوشته می‌شد جهت انتشار برای صدا و سیما و مطبوعات ارسال گردد و اصل نسخه دستخط با امضای امام، در آرشیو اسناد ایشان نگهداری شود. به دلیل حساسیتی که در جامعه نسبت به یکایک واژگان بکار رفته در پیام‌های امام وجود داشت، در مواردی که احیانا در مرحله نگارش سهوی در درج حروف یا جابجایی کلمات صورت گرفته بود یا در مواردی بسیار معدود که پیشنهاد افزودن یا درج مطلبی در پیام مطرح بوده است، عمدتا توسط مرحوم حاج احمد آقا موضوع به امام خمینی منعکس می‌شد و اصلاح مورد نظر با خط خود امام یا با اذن ایشان روی نسخه اصل و یا کپی دستخط صورت می‌گرفت. خوشبختانه تمامی نسخ اینگونه اصلاحات اعم از نسخه خطی و کپی اصلاح شده در آرشیو اسناد امام موجود بوده و در موزه آثار ایشان در معرض دید قرار خواهند گرفت.
از جمله موارد معدودی که طبق نظر و تأیید حضرت امام خمینی (س) ضمن چند مورد اصلاح کلمات، عبارتی کوتاه از یک پیام ایشان در نسخه کپی دستخط پیام، خط خورده است و طبعا در متن منتشر شده در صدا و سیما و مطبوعات نیامده است همین پیام معروف امام بمناسبت سوم خرداد و فتح خرمشهر می‌باشد. جمله‌ای که در اصل نسخه خطی توسط امام خطاب به "حکومت‌های هم جوار و منطقه" نوشته شده و بصورت خط نخورده می‌باشد این است: «آنان می‌دانند امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است و دولت و ملت پیروزمند از موضع قدرت سخن می‌گویند». اما در نسخه کپی که مبنای متن منتشر شده در رسانه‌ها بوده است با اجازه حضرت امام، عبارت «جنگ خاتمه یافته است» خط خورده است. ضمنا در آغاز این پیام نیز با توجه به تلگرافات تبریک فتح خرمشهر که در سوم خرداد برای حضرت امام مخابره می‌شده است، عبارت «با تشکر از تلگرافاتی که در فتح خرمشهر به اینجانب شده است» اضافه گردیده است.
بنا بر توضیح فوق و به استناد عبارت «امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است» شاید با اطمینان بتوان گفت امام خمینی در زمان نگارش این پیام در روز سوم خرداد سال ۱۳۶۱، با تحقق فتح خرمشهر، جنگ را خاتمه یافته، می‌دانسته و یا می‌خواسته است، و طبعا با توجه اهمیت شرایط جنگ و پیروزی عظیم خرمشهر و حساسیت عبارت مذکور، ایشان شخصا و یا پس از مشورت با حاج احمد آقا حذف آن را – قبل از طرح موضوع در جلسه شورایعالی دفاع و اخذ نظر فرماندهان نظامی - به مصلحت دانسته اند، خصوصا اینکه ایشان طبق مبانی فقهی خویش در فقه حکومتی و امور اجتماعی که دایر مدار مصلحت هستند توجه به وجوب مشورت با عنایت به ملاک عرف کارشناسان (که در رابطه با جنگ، فرماندهان نظامی و مسئولین سیاسی و پشتیبانی جنگ بوده اند) را لازم می‌دانستند و لذا پس از استماع نظرات ایشان و طبعا اطلاع از مباحث نمایندگان مجلس و مسئولین سیاسی و اطمینان از اینکه اکثریت قاطع ایشان (بالای ۹۰ درصد) با استدلال‌های متین و کارشناسانه خویش پایان جنگ را در آن مرحله خلاف مصلحت کشور اعلام کردند و مصلحت جنگ و کشور را بر ادامه جنگ و ضرورت اجازه ورود به خاک عراق بیان کردند، امام خمینی از نظر جمع متابعت نموده است.
