در خرداد ۱۳۵۸ شیخ صادق خلخالی به عنوان حاکم شرع راهی کردستان شد؛ سفری که به دلیل عملکرد وی در دادگاه‌های این خطه، تا امروز بر قضاوت‌های تاریخی درباره او سایه انداخته است.
به گزارش تاریخ ایرانی، در تورق تاریخ انقلاب، هنوز بسیاری به دنبال پاسخ این پرسش‌اند که به راستی جریان اعدام‌های کردستان چه بود؟! خلخالی چه توجیهی برای آن داشت و اعدام‌شدگان چه کسانی بودند؟ روزنامه اطلاعات در اول مهرماه ۱۳۵۸ گفتوگویی در همین باره با خلخالی داشته و پاسخ او را منتشر کرده است:
آیت‌الله صادق خلخالی، پیش از ظهر دیروز قم را به قصد همدان ترک کرد. خلخالی، از همدان به کردستان خواهد رفت. خبرنگار ما پیش از عزیمت خلخالی به همدان و کردستان، با طرح این سوال که برای چه به کردستان می‌رود، گفتوگویی با وی ترتیب داد.
خلخالی پاسخ داد: پس از آنکه کردستان را ترک کردم، عده‌ای در آن منطقه توقیف شده‌اند که ان‌شاءالله آن‌ها را از زندان‌ها آزاد خواهم کرد.
خلخالی در ادامه سخنان خود با گله از ارباب جراید در داخل کشور اظهار داشت: من از ارباب جراید در ایران، گله میکنم که حقایق را آن‌طوری که شاید و باید اتفاق افتاده، ننوشته‌اند. در کردستان، شاید میلیون‌ها تومان، چک و سفته نزولی را از دست نزول‌خواران گرفته و به نفع یک مشت آدم بدبخت، پاره کرده‌ام و مبالغ هنگفتی کمک جنسی و نقدی به نیازمندان نموده‌ام. جراید از این‌ها حرفی به میان نمی‌آورند؛ ولی سعی می‌کنند از یک یا چند «جانی» فرشته بسازند که امیدوارم حقایق بیش از این روشن شود.
من کسی نیستم
خلخالی در پاسخ این سوال که چرا جراید و رسانه‌های عمومی در خارج از کشور، به شدت به وی حمله می‌کنند، گفت: وسایل ارتباط‌جمعی اروپا و آمریکا در اختیار صهیونیسم بین‌الملل است، علیه ما و دادگاه‌های انقلاب اسلامی، هرچه دلشان می‌خواهد می‌نویسند و از این رهگذر، می‌خواهند روحیه ما را تضعیف کنند و در واقع انقلاب اسلامی ما را به انحطاط بکشانند. آن‌ها با شخص من طرف نیستند، چون من کسی نیستم که با من طرف باشند. بلکه آن‌ها با اسلام و قرآن و دین پیغمبر ما دشمنی دیرینه دارند. همین اروپایی‌ها در جنگ‌های اول و دوم جهانی شاید متجاوز از ۸۰ میلیون انسان را کشته‌اند. کشتار بی‌رحمانه انگلستان را در هندوستان، چین، ژاپن و آفریقا همه می‌دانیم. کشتار فرانسوی‌ها در سراسر آفریقا و مخصوصا الجزایر، در همین زمان‌های اخیر را به یاد داریم. کشتار بی‌رحمانه آمریکا در جنگ دوم جهانی و آزمایش بمب اتمی در هیروشیما و ناکازاکی را. دنیا فراموش نکرده است.
قتل‌عام مردم ویتنام، کامبوج و لائوس در خاطره‌ها زنده است. در حال حاضر هم با دست کثیف ایالات متحده آمریکا، فلسطینی‌ها بی‌رحمانه کشتار می‌شوند و موجودیت آن‌ها از طرف مقامات آمریکایی نادیده گرفته می‌شود. این همه ظلم و کشتار و شکنجه در رودزیا و آنگولا و موزامبیک و آفریقای جنوبی و سایر نواحی به وسیله دست‌نشاندگان ایالات متحده آمریکا صورت می‌گیرد؛ اما جراید آمریکا و اروپای غربی نسبت به این همه کشتار و قتل‌های بی‌رحمانه سکوت می‌کنند؛ ولی چند جنایتکار خون‌آشام که در کردستان و سایر مناطق ایران اعدام می‌شوند، قلم‌ها به کار می‌افتد و ستون‌های روزنامه‌ها پر می‌شود و صفحات تلویزیون، عکس‌های مونتاژشده را با کمال وقاحت نشان می‌دهند و حال آنکه همه می‌دانند هیچ کس را با برانکار در محکمه انقلابی کردستان محاکمه نکرده‌اند. همه آن‌ها سالم بودند و با پای خود به محکمه آمده‌اند و با پای خود به طرف جوخه اعدام رفته‌اند. این همه تبلیغات جز مشوش کردن اذهان عمومی و ساده‌لوحان چیز دیگری نیست.
پاسخ به مفتی‌زاده
خلخالی، سپس با اشاره به مطالبی که علامه مفتی‌زاده در مورد محکومین به اعدام در کردستان عنوان کرده بود، اظهار داشت: ایشان (علامه مفتی‌زاده) بیان فرمودند که تقریبا تمام کسانی که در دادگاه‌های انقلاب اسلامی سنندج و سایر نواحی کردستان محکوم به اعدام شده‌اند و یا به زندان و تبعید روانه گشته‌اند، مستحق عفو امام بوده‌اند. باید بگویم که آقای مفتی‌زاده درباره اعدام‌ها و محاکمات تنها و پیش خود و یا با روح ناسیونالیستی کاذب کردی قضاوت می‌کند. یکی از اعدام‌هایی که در سنندج صورت گرفت، مربوط به قاتل شاطر محمد و پسر او بود که همه مردم با شنیدن اعدام او به وجد آمدند؛ چون مردم خود از ماجرا اطلاع کامل داشتند؛ چراکه این مجرم، وقت ارتکاب عمل، ساطور قصابی را در دست خود می‌چرخانده و وقیحانه می‌گفته که «گوشت طرفداران خمینی ارزان شده است!» و حرف‌های دیگری که از گفتن آن شرم دارم.
دومین محکوم، سرهنگ ایوبی بود که خود به سه فقره قتل اعتراف کرده و دستور کشتن ۱۵ نفر را در اطراف همدان صادر کرده بود. سومین محکوم، سرتیپ نیازمند بود که در دوره طاغوت، مردم کردستان را کشته و فرمان قتل عده زیادی را داده بود. چهارمین محکوم، سیروس منوچهری، معاون ساواک منحله سنندج بود که چندین فقره کشتار و زنای محصنه داشت. پنجمین و ششمین محکوم دو نفر از فئودال‌های کامیاران بودند که تمام مردم کشاورز و اسیر منطقه را به انحطاط کشانده و ده‌ها و صدها زنای محصنه مرتکب شده بودند.
هفتمین محکوم، پاسبانی بود به نام احمد اسماعیل‌زاده که پرونده او مشتمل بر قتل یک بچه و رابطه نامشروع با زنان زندانیان دوره طاغوت در سنندج بوده است. هشتمین محکوم دکتر ابوالقاسم رشوند سرداری بود که با اسلحه در سنگر دستگیر شد و از سران حزب منحله دموکرات بود. نهمین و دهمین محکوم حاج محمدعلی بیگلری و حبیب‌الله کرمی بودند که به جرم زنا با زنی به نام شریفه علی‌زاده محکوم به اعدام شدند. این دو نفر، زن بیچاره را در پاسدارخانه به امانت می‌گیرند و شب‌هنگام به او تجاوز می‌کنند. این زن بی‌پناه به کجا باید پناه ببرد؟ آیا به غیر از اینکه باید زیر پرچم جمهوری اسلامی باشد، جای دیگری دارد؟
یازدهمین و دوازدهمین محکوم «نقره‌ای» و رفیق او بود که در سنگر سقز با دستور جلال شافعی و فلسفی در مقابل ارتش اولتیماتوم دادند که ما برای مقاومت در مقابل ارتش از حزب دموکرات مهاباد و عزالدین حسینی و قاسملو الهام گرفته‌ایم که این افراد در سقز موجب کشتار ده‌ها نفر، من‌جمله سرهنگ فرخ‌نیا و گروگان گرفتن تعداد زیادی بوده‌اند. سیزدهمین و چهاردهمین نفر هم قاتلان برادران کهنه‌پوش در مریوان بودند که پس از ادای شهادت عده زیادی از اهالی محترم و علمای اعلام مریوان محکوم به اعدام شدند.
توقع از مفتی‌زاده
خلخالی آنگاه گفت: چرا آقای مفتی‌زاده درباره حمله ناجوانمردانه نیمه‌شب در مهاباد و بانه و سقز که با گلوله ۱۰۶ میلی‌متری و خمپاره و آرپی‌جی ۷ به پادگان‌ها حمله می‌کنند و پاسداران انقلاب را می‌کشند، سکوت اختیار می‌کنند؛ ولی بدون توجه به عواقب گفته‌های خود، مطالب نادرست را اشاعه می‌دهند؟ من از ایشان توقع دارم که در جریانات، بیش از این تحمل بفرمایند و بهانه به دست دشمنان ندهند؟
متفاوتترین گیاهان آپارتمانی لوکس که با قدشان غوغا می‌کنند 
راهنمای کامل استایل با پلیور زنانه در روز‌های سرد 
کوری آشپزخانه؛ ۶ نکته در مورد آشپزخانه شما که توجه مهمانها را جلب می‌کند 
چطو در جمع «قشنگ و با اعتماد به نفس» حرف بزنیم؟ 
۲واقعیت ازدواج که روانشناسان میگویند به نفعتان است بپذیرید 
چرا هود مکش ندارد + راههای رفع آن 
تقاص دنیوی ، عدالت خداوند است.
موضوع در باره فوت آیت الله طالقانی و خلا ایشان در ساخت قدرت است!
پس فقط سکوت میکنم
که سرشار از ناگفته هاست