رأی اعتماد به زاهدی که به صورت ناپلئونی محقق شده بود، با اعتراض نمایندگان مجلس روبه‌رو شد، به‌طوری‌که تعدادی از نمایندگان مجلس در جلسه علنی ششم شهریور سال ١٣٨٤ در تذکرات آیین‌نامه‌ای، آرای وزیر علوم را مخدوش دانستند و خواستار بازبینی فیلم رأی‌گیری برای او در روز رأی اعتماد شدند.
به گزارش شرق، خبر دیدار زاهدی و یک مقام اسرائیلی در حاشیه یک نشست رسمی در سال ١٣٨٧ در اردن، این روزها بیش از هر زمانی در سایت‌ها و رسانه‌ها بازخوانی می‌شود، دلیلش هم ساده است؛ به‌ویژه در روزهایی که خبر محرومیت مسعود شجاعی و احسان حاج‌صفی از حضور در تیم ملی روی خط داغ خبرهاست.
مهدی زاهدی آن‌طورکه او و برخی اصولگرایان تأکید می‌کنند، نابغه ریاضی است. وزیر علوم سال‌های گذشته دولت محمود احمدی‌نژاد، این روزها ریاست بر یکی از کلیدی‌ترین کمیسیون‌های مجلس را بر عهده دارد، کمیسیون آموزش.
دیدار تصادفی
زاهدی بارها در گفت‌وگوهای کمی تندوتیز که با رسانه‌ها داشته بر مصافحه‌نکردن با مقام اسرائیلی حاضر در نشست اردن تأکید کرده است؛ بااین‌حال تصاویر منتشرشده از او در آن دیدار حاکی نکات مهمی است.
زاهدی تأکید کرده تصاویر براساس سناریوی از پیش تعیین‌شده از سوی رژیم اسرائیل تهیه شده و او نزدیک به یک دقیقه در اتاق بوده و به‌محض اینکه فهمیده فرد حاضر در اتاق اسرائیلی است، جلسه را ترک کرده است. بااین‌حال تصاویر او را در ردیف مسئولانی قرار داده که با رالب (راغب) مجادله، وزیر علوم وقت رژیم اسرائیل، عکس رسمی گرفته است؛ اما در تصویر دیگری زاهدی دور میز و نزدیک مجادله نشسته است، بااین‌حال چهره‌اش در هم است و اخمو. معلوم نیست آیا او در لحظه‌ای که عکس گرفته شده در جریان بوده که مقامی که در چند سانتی‌متری‌اش نشسته یک مقام اسرائیلی است یا نه؟ بااین‌حال او بارها تأکید کرده که از رکنی‌زاده، مقام مسئول حاضر از وزارت امور خارجه در آن نشست خواسته از موقعیت فرد مورد نظر با‌خبر شود و به‌محض اینکه می‌فهمد او اسرائیلی است جلسه را ترک می‌کند.
سناریوسازی
وقتی خبر آن روزها در رسانه‌ها بالا گرفت، وزارت علوم در بیانیه‌ای اعلام کرد «درباره عکس منتشرشده در برخی سایت‌ها که صندلی وزیر علوم را در کنار صندلی وزیر علوم رژیم صهیونیستی نشان می‌دهد، باید توضیح داد که با توجه به تأخیر نیم‌ساعته در شروع مراسم از مدعوین جهت پذیرایی دعوت شد.
طرف ایرانی شرط حضور خود را در اتاق پذیرایی عدم حضور وزیر رژیم اشغالگر قدس اعلام کرد که طرف میزبان آن را پذیرفت. پس از ١٠ دقیقه از حضور وزیر علوم فردی ناشناخته وارد اتاق شد که به علت نبود مبل خالی یک صندلی را در کنار مبلی که وزیر علوم نشسته بود قرار دادند و آن فرد روی آن قرار گرفت. کمتر از دو دقیقه توسط همکاران وزارت امور خارجه معلوم شد که آن فرد وزیر رژیم صهیونیستی است که بلافاصله با یک اقدام انقلابی دیگر ضمن ترک محل پذیرایی اعتراض خود را به مسئولان تشریفات میزبان اعلام کردیم. متأسفانه عکس‌های منتشرشده در همان فاصله زمانی گرفته شده است».
زاهدی درباره انتشار تصاویر این دیدار که اتفاقا مدت‌ها بعد اتفاق افتاده بود، گفته «مسئول مربوطه از وزارت امور خارجه در همان اتاق و کنار من نشسته بود که در عکس منتشرشده صورت ایشان به‌صورت مات منتشر می‌شود که به خواننده این‌گونه القا شود گویی وزیر علوم خارج از چارچوب‌های عرف دیپلماتیک عمل کرده است».
او البته تأکید می‌کند: «یقینا توطئه در کار بود و این توطئه از جانب صهیونیست‌ها بود. آنها می‌خواستند به نظام ضربه بزنند. اینکه یک سایت خبری داخلی که اتفاقا متعلق به بچه‌مسلمان‌هاست به‌راحتی یک خبر کذب را مطرح کند، فکر می‌کنم اشتباه فاحشی شده است».
زمزمه‌های سفیرشدن و افشای نابهنگام «جهان»
سایت جهان، همان سایتی است که به گفته زاهدی «بچه‌مسلمان» نخستین‌بار تصاویر دیدار زاهدی و مقام اسرائیلی را یک سال پس از اصل دیدار منتشر کرد.
در متن منتشرشده در جهان آمده «محمدمهدی زاهدی، وزیر علوم دولت نهم است که جای خود را به کامران دانشجو خواهد داد؛ اما زاهدی که روزگاری خود را نابغه ریاضیات می‌خواند، در حالی از سمت عالی‌ترین مقام آموزشی کشور کنار می‌رود که سفارت چندین کشور حساس به او پیشنهاد شده است، اما سابقه زاهدی در تعامل با کشورهای دیگر و نیز عدم تطبیق صحیح او با معیارهای نظام از دغدغه‌هایی است که احتمال سفیرشدن او در کشورهایی مانند امارات و اندونزی را با ابهام جدی مواجه کرده است».
در ادامه سایت جهان به‌طور شفاف رسالتش را در انتشار تصاویر حاشیه‌ساز زاهدی توضیح داده: «زمزمه سفارت زاهدی، سایت جهان را بر آن داشت تا با انتشار عکس‌هایی از این دیدار، مسئولان عالی دولت و مقامات دیپلماسی کشور را در انتخاب افراد آگاه به شئونات انقلاب اسلامی یاری کند».
زاهدی در گفت‌وگو با خبرگزاری مهر، جایی که خبرنگار پرسیده احتمال دارد که خبرها درباره احتمال سفیرشدن شما این حاشیه‌ها را به وجود آورده، چنین پاسخ داده «به‌هرحال یکی از سرنخهای این موضوع و حاشیه‌سازی می‌تواند این مورد باشد، اما تنها احتمال است نه یقین».
«یک نفر وارد اتاق شد و مشغول مذاکره با او بودیم. البته مذاکره هم نه، چون نیم‌ساعت وقت بود، صحبت‌های متفرقه می‌کردیم. اینکه می‌گویم حرف شما ضد انقلاب است». مهدی زاهدی در ادامه گفت‌وگو با سایت «جماران» چیزهایی گفته که خبرنگار صرفا به همین جمله کوتاه اکتفا کرده است: «توهین می‌کند».
خبرنگار پرسیده «آقای زاهدی این طرز صحبت اصلا صحیح نیست»، زاهدی هم پاسخ داده «نخیر. کسی که حرف ضدانقلابی بزند سزایش همین است». دیدار نابغه ریاضی کرمان و وزیر وقت علوم دولت احمدی‌نژاد با وزیر علوم رژیم اسرائیل در سال ٨٧ تا مدتی از تیررس مردم دور مانده بود، اما هنگام احتمال سفیرشدنش در یکی از سفارتخانه‌های کشورهای خلیج فارس فاش شد، آن‌هم از جانب یک سایت اصولگرا و به گفته زاهدی یک «سایت نزدیک به بچه‌مسلمان‌ها».
نام مهدی زاهدی برای دانشجویان منتقد همواره با پدیده «دانشجوی ستاره‌دار» پیوند خورده است. در دوره او پروژه ستاره‌دارکردن دانشجویان منتقد به بالاترین سطح خود رسید. گرچه او در گفت‌وگویی با مهر به‌کل مسئله را تکذیب کرده و آن را محصول دوره سیدمحمد خاتمی و مصطفی معین دانسته است. زاهدی در ٢٣ مرداد ١٣٨٤ از سوی محمود احمدی‌نژاد برای تصدی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس معرفی شد و با کسب ١٤٤ رأی موافق، ١٠١ رأی مخالف و ٣٥ رأی ممتنع موفق به کسب رأی اعتماد مجلس شد.
۵ واقعیت برای پخت ذرت شیرین در کمترین زمان که نمی‌دانستید + بهترین روش کدام است؟ 
مردی با این ۱۰ویژگی، قطعاً روح زیبایی دارد؛ چنین مردی را می‌شناسید؟ 
۱۰ فیلم برتر زندایا / بهترین فیلم های زندایا که حتما باید ببینید 
اگر می‌خواهید فرزندتان احترام‌تان را حفظ کند این ۷عادت را ترک کنید 
۱۲ گل خوشبو که خانه‌تان را به یک پناهگاه آرامش‌بخش تبدیل می‌کنند 
تکان‌دهنده‌ترین لحظات تاریخی در فیلم‌ها؛ بهترین فیلم‌های تاریخی که فراموش نمی‌شوند 
رای ممتنع یعنی چی!؟