علی مطهری علی رغم واکنش دفتر حفظ و نشر آثار امام خمینی (ره) همچنان معتقد است که نامه‌های امام به آیت الله منتظری و نهضت آزادی دستخط ایشان نیست.
«نهضت آزادی ایران یک گروه با سابقه اسلامی است. فکر نمی‌کنم نامه منسوب به امام درباره نهضت آزادی، واقعا از امام باشد، نامه مربوط به آقای منتظری هم بعید می‌دانم از امام باشد.» این جمله‌ای است که علی مطهری آن را در برنامه «رودررو» گفت. چند ساعت از این صحبت نگذشته بود که دفتر حفظ و نشر آثار امام (ره) به این ادعا پاسخ گفت.
به گزارش خبر آنلاین، حمید انصاری قائم مقام مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی در مصاحبه با جماران میگوید: در کمال ناباوری برادر عزیز جناب آقای علی مطهری در مصاحبه‌ای تصریح کردند که در انتساب نامه معروف به نامه ٦ فروردین متعلق به امام و خطاب به آیت الله منتظری و هم چنین در انتساب نامه امام درباره اعضای نهضت آزادی، شک دارند. بیان این مطلب که تا کنون در موارد بسیار توسط مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام مورد تبیین قرار گرفته، آن هم از ناحیه نایب رییس مجلس بسیار جای تعجب و تأسف دارد.» او ادامه می‌دهد: «مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام به عنوان تنها مرجع رسمی برای تعیین اصالت مطالب مربوط به امام که با دستور و صلاحدید شخص امام به این عنوان تعیین شده است، بار دیگر اعلام می‌دارد که در انتساب این نامه‌ها به امام خمینی کوچکترین شبهه‌ای وجود ندارد و چنانکه تا کنون و در بیانیه‌های مفصل توضیح داده ایم، این دو مرقومه متعلق به بنیانگذار جمهوری اسلامی حضرت امام خمینی (س) است و کمترین شبهه‌ای در این زمینه وجود ندارد. بزرگوارانی که در این امور مهم اعلام نظر می‌کنند، حداقل قبل از اظهار نظر ادله مثبته این امور را بررسی کنند.»
پس از انتشار این پاسخ دفتر حفظ و نشر آثار امام، از علی مطهری درباره ادله و مستنداتش در خصوص نامه امام سوال کردیم که او این چنین پاسخ گفت:
شما در مصاحبه‌ای گفته‌اید که نامه‌هایی که درباره برکناری منتظری نوشته شده است نمیتواند منتسب به امام باشد بر چه اساسی این را می‌گویید؟
اساسا آن نوع بیان شباهتی با ادبیات امام (ره) ندارد. مضاف بر آنکه از فروردین ۶۷ به بعد امام بیمار بودند و خیلی در جریان امور نبودند. علاوه بر این خط امام هم مورد تشکیک است. به عبارت دیگر این تردید وجود دارد که آیا این دستخط امام هست یا خیر؛ لذا از این جهت به نظر نمی‌رسد که نامه ۶/۱/۶۸ و ۸/۱/۶۸ هر دو از امام باشد به طوری که در یک‌جا یک نفر را به قعر جهنم و در جای دیگر به آسمان برده‌اند. این‌ها با هم همخوانی ندارند. حداقل برای من قابل قبول نیست.
اما دفتر حفظ و نشر این نامه‌ها را تائید کرده است؟
من نمی‌دانم. این نظر شخصی من است. به نظرم نامه نهضت آزادی هم همین‌طور است و من بعید می‌دانم که این نامه از امام باشد. به نظرم هم به لحاظ محتوایی و هم به جهت تطبیق دستخط این نامه نمیتواند منسوب به امام باشد.
با اینکه بار‌ها موضوع تایید نامه‌ها مطرح شده، اما چه دلیلی وجود دارد که بخواهند نامه‌ها را به امام منتسب کنند؟
نمی‌دانم، اما شاید برخی به دنبال حذف برخی گروه‌ها بودند به همین دلیل دست به چنین کاری زدند. البته این نظر شخصی من است و باید دید دیگران چه نظری دارند.
چطو در جمع «قشنگ و با اعتماد به نفس» حرف بزنیم؟ 
کوری آشپزخانه؛ ۶ نکته در مورد آشپزخانه شما که توجه مهمانها را جلب میکند 
راهنمای کامل استایل با پلیور زنانه در روز‌های سرد 
چرا هود مکش ندارد + راههای رفع آن 
۲واقعیت ازدواج که روانشناسان میگویند به نفعتان است بپذیرید 
متفاوتترین گیاهان آپارتمانی لوکس که با قدشان غوغا می‌کنند 
اگه سواد اقتصادی داشت دیگه ۲۴ ساعته حرف میزد و اظهار نظر میکرد .
آخه کارشناس خط هستی ؟
موسسه متولی که از قضا هم جبهه هم با مطهری هست، میگه اینطور، مطهری میگه من نمیدونم، نظر شخصیم اینه که آنطوره؛ کوتاه هم نمیاد و همینی که هست...!!!
شما فرانسه تعاریف رسمی رو هم نقض کنی، باهات برخورد میشه! ینی بگی فلان لغت نامه یا دایره المعارف رسمی فرانسه گفته حقوق انسانی اینه، من قبول ندارم میگم اینه! باهات برخورد میشه...
اینجا تعاریف که هیچ، اصل یه ماجرا انکار میشه، هیچی هم نمیشه! ینی انقدر آزادی داریم ما... :))