این دریاچه همچنین به واسطه همجواری با کلانشهر شیراز یکی از مناطق گردشگری و تفرجگاهی نیز محسوب می شود که طی چند سال گذشته به دلیل خشکسالی شدید در این استان سطح آبل در دریاچه مهارلو به طور زیادی پائین آمد.
طی چند ماه اخیر به دلیل بارش مناسب باران در استان فارس و همچنین با توجه به سرازیر شدن فاضلابهای دشت شیراز به این دریاچه سطح آب در مهارلو تا حدود زیادی بالا آمد به گونه ای حدود شش تا هفت هکتار از این دریاچه آبگیری شد که بر اساس نظر کارشناسان این میزان آبگیری رقم بسیار مناسبی است.
اما وجود پدیده کشند قرمز در این دریاچه باعث نگرانی برخی از کارشناسان مربوطه شده است. این پدیده می تواند حیات دریاچه را به خطر بیندازد.
گفته می شود کشندهای قرمز جلبکهایی هستند که نسبت به شوری مقاوم هستند و زمانیکه شوری آب بالا رود رشد این گونه ها نیز افزایش می یابد که برای آبزیان یک خطر بالقوه به شمار می رود.
این کشندهای قرمز در مناطق جنوبی تالاب دیده شده که حدود یک تا دو کیلومتر از دریاچه مهارلو را در بر گرفته است.
همچنین، ورود فاضلاب به دریاچه شرایط را برای ایجاد یکسری جلبک به وجود می آورد زیرا در فاضلاب شهری فسفر و ازت زیاد است و ایجاد این گونه جلبکها نیز برای دریاچه زیان آور است.